主要研究领域：
1. 环境微生物生态学
2. 环境分子生物学
3. 环境污染物处理与修复生物技术
4. 污水生物处理及能源化利用
代表性研究项目：
1. 主持2017年国家自然科学基金面上项目：“石化污染土壤中原位降解功能微生物磁纳米识别及强化修复技术研究”（51678054）
2. 主持2014年国家自然科学基金面上项目：“高效石油污染降解的微生物群落修复基因信息动态研究”(51378064)
3. 主持2013北师大自主科研基金：“兰州石化厂多环芳烃污染环境中降解微生物群落及功能基因研究”（2014KJJCB22）.
4. 主持2012年国家自然科学基金面上项目 “表征典型多环芳烃PAHs降解诱导型生物传感细胞构建及优化”（51178048）.
5. 主持2008年国家自然科学基金项目 “微生物自氧固氮作用对饮用水源水华形成机制的影响机理解析”（50708008）.
6. 主持环境模拟与污染控制国家重点联合实验室（清华大学）2008年度开放课题“无介体微生物燃料电池中高效产电微生物的解析与应用”.（08K07ESPCT）
7. 作为第二项目主持人承担2007年国家高技术研究发展计划（863）重大科技专项 “低温环境石油污染土壤的作物-微生物协同修复技术研究”编号：(2007AA06Z308）.
8. 参加2008年北京市科委北京市科委重大项目 “北京市典型场地污染的关键异位修复技术研究与示范” 编号：（D08040900360804）.
9. 参加2008年“国家水体污染控制与治理科技重大专项中”项目“流域水环境的生态功能分区与质量目标管理技术”课题“海河流域水生态功能一级二级分区方案研究”编号：（2008ZX07526-002-02）
10. 主持中国博士后基金2005年（二等资助）项目：环保型无介体高效微生物燃料电池的研制与应用，负责项目研究方案的制定，指导研究生开展微生物燃料电池的设计、运行试验及其分子微生态学分析。编号：（200508021）
11. 参与承担2007年国家自然科学基金项目“低温环境石油污染土壤的作物-微生物协同修复技术研究” （2007AA06Z308）
12. 参与承担国家自然科学基金国际(地区)合作交流项目“污染场地中石油烃化合物的生物有效性和生物降解潜力研究” (中英合作研究项目NSFC-RS－40910262）
代表性论文：
1. Yujiao Sun, Xiaohui Zhao, Dayi Zhang, Aizhong Ding, Wei E. Huang, New naphthalene whole-cell bioreporter for measuring and assessing naphthalene in polycyclic aromatic hydrocarbons contaminated site. Chemosphere, (2017) 186: 510-518 -SCI
2. Yujiao Sun, Sidan Lu, Xiaohui Zhao, Long-Term Oil Pollution and In Situ Microbial Response of Groundwater in Northwest China. Arch Environ Contam Toxicol, (2017) 72:519–529 -SCI
3. Lu Sidan; Sun Yujiao*; Zhao Xuan, Sequencing Insights into Microbial Communities in the Water and Sediments of Fenghe River, China. Archives of Environmental Contamination and Toxicology, 2016(71), 1: 122-132 -SCI
4. Zhao Xiaohui; Li, Hanbing; Ding, Aihong; Zhou,Guizhong; Sun,Yujiao; Zhang, Dayi.Preparing and characterizing Fe3O4cellulose nanocomposites for effective isolation of cellulose-decomposing microorganisms. Materials Letters, 2016, 163:154-157 -SCI
5. Danyang Zheng, Yujiao Sun*, Huijuan Li, Sidan Lu, Shangwei Xu. Multistage A-O Activated Sludge Process for Paraformaldehyde Wastewater Treatment and Microbial Community Structure Analysis. Journal of Chemistry, Volume 2016 (4): 1-7 -SCI
6. Wang, L. ; Sun, Y.J.*; Lu, S.D. ; SBR for coal chemical wastewater treatment and bacteria ecological analysis. Manufacturing Engineering and Intelligent Materials – ICMEIM, 2015: 357-364
7. Ding Aizhong, Zhao Xiaohui, Sun Yujiao*, Zhang Dan. PAH degradating bacterial communities in coal tar-contaminated soil. Journal of Pure and Applied Microbiology. Vol.7；No.1:401-408,2013 -SCI
8. Si-dan Lu , Yu-jiao Sun* , Xuan Zhao, Ai-zhong Ding. Basic analyses of aquatic biodiversity in the Fenghe river. Atlantis, 2014. 11: 891-894
9. Dayi Zhang, Aizhong Ding, Shuangchao Cui, Steven F. Thornton, Yujiao Sun, Wei E. Huang*,Whole cell bioreporter application for rapid detection and evaluation of crude oil spillin seawater caused by Dalian oil tank explosion. Water Research. 2013. (47)；No.3: 1191-1200 -SCI.
10. Yujiao Sun, Jiane Zuo,Longtao Cui, Qian Deng,Yan Dang, Diversity of microbes and potential exoelectrogenic bacteria on anode surface in microbial fuel cells. Journal of General and Applied Microbiology. 2010(56) 1: 19-29 -SCI
11. Chen Cheng, Zhang Zaichao, Xiao Jingfa, Sun Yujiao*, Bar-Coded Pyrosequencing Reveals the Bacterial Community during Microcystis Water Bloom in Guanting Reservoir, Beijing. Procedia Engineering, 18, 2011: 341- 346 -SCI
12. Y. -J. Sun，W. Xing, J. -P. Li, Y. -Q. Lu and J. -E. Zuo, Microbial community in granules from a high-rate EGSB reactor, Applied Biochemistry and Microbiology. 2009（45）6:659-653 -SCI
13. Sun yujiao, Zuo jiane, Chen lili, Wang yong, Eubacteria and Archaea community of simultaneous methanogenesis and denitrification granular sludge. Journal of Environmental Sciences, 2008, 20（5）:626-630 -SCI
14. Sun Yujiao, Chen Cheng, Ding Aizhong, Cheng Lirong, Response of biological nitrogen fixation to eutrophic water in Guanting Reservoir. Journal of Jilin University(Earth Science Edition), 2011,41(4): 1179-1185.(EI)
15. SUN Yujiao, WANG Yong, HUANG Xia, Relationship between sludge settleability and membrane fouling in a membrane bioreactor. Front. Environ. Sci. Engin. China 2007, 1(2): 1-5 -SCI
16. Bing-Jie Ni, Han-Qing Yu, Yu-Jiao Sun, Modeling simultaneous autotrophic and heterotrophic growth in aerobic granules. Water research, 2008, 42: 1583-1594 -SCI
17. Xian-Yang Shia, Han-Qing Yua, Yu-Jiao Sun, Xia Huang，Characteristics of aerobic granules rich in autotrophic ammonium-oxidizing bacteria in a sequencing batch reactor. Chemical Engineering Journal 2009 (147): 102-109 -SCI
1. 卢思丹;孙寓姣*;赵轩;王蕾;郑丹阳,降水对沣河水质和水体微生物的影响,环境科学, 2016,37(7):2563-2569. -EI
2. 孙寓姣,陈 程,丁爱中,赵晓辉,张惠淳.官厅水库水质和环境因子特征及其与水体微生物多样性的响应.中国环境科学. 2015,35(5)：1547-1553. -EI
3. 孙寓姣, 赵轩, 王蕾,卢思丹,丁爱中.沣河水系脱氮微生物群落结构研究,生态环境学报. 2014（23）,9: 1451-1456.
4. 张惠淳,孙寓姣*,陈程,赵晓辉,官厅水库水体及底泥中硝化功能细菌的群落多样性研究.北京师范大学学报(自然科学版). 2013, Vol.49；No.2/3；p282-285.
5. 孙寓姣,张惠淳.功能基因芯片在土壤微生态研究中的应用.南水北调与水利科技. 2013,Vol.11；No.1；p93-96
6. 董萍,孙寓姣*,王红旗,陈利顶,张辉.利用T-RFLP技术对温榆河微生物群落结构研究中国环境科学, 2011, 31(4): 631-636. -EI
7. 李晓斌，孙寓姣*，王红旗，丁爱中.焦化厂污染土壤中多环芳烃降解菌群解析，化工 学报，2010,61(2):477-483 -EI
8. 孙寓姣，郝旭光，王红旗.不同温度下石油污染土壤中石油降解菌群的实验研究.石油加工，2010 , 26 (1): 87-92 -EI
9. 孙寓姣,左剑恶,崔龙涛,党岩.不同废水基质条件下微生物燃料电池中细菌群落解析.中国环境科学 2008,28(12)：1068~1073 -EI
10. 郝旭光,孙寓姣*,王红旗，PCR-酶切技术在石油烃降解菌筛选鉴定中的应用.环境工程学报,2010(4)2:449-452.
11. 孙寓姣,厌氧产甲烷颗粒污泥微生态学的研究现状,中国沼气, 2007,25 (4):5-9.
12. 孙寓姣,左剑恶,陈莉莉.同时产甲烷反硝化颗粒污泥中微生物群落结构.中国环境科学2007,27(1)：44-48 -EI
13. 孙寓姣,左剑恶，鲁颐琼等.好氧亚硝化颗粒污泥中硝化细菌群落结构分析.环境科学. 2006,27,（9）:1851-1861. -EI
14. 孙寓姣，左剑恶，李建平，鲁颐琼，厌氧颗粒污泥中微生物种群变化的分子生物学解析.中国环境科学，2006，26（2）：183-187 -EI
15. 孙寓姣,左剑恶.高效厌氧产甲烷颗粒污泥中微生物多样性及定量化研究.环境科学，2006，27，（11）：2354-2357 -EI
16. 孙寓姣,王勇,黄霞. MBR系统内丝状菌膨胀的分子生态学解析.环境科学，2004，25:56-58 -EI
17. 孙寓姣，任南琪，王勇.丁酸型产氢-产酸发酵细菌PH生态位探讨.太阳能学报，2004，25（2）:232-235 -EI
18. 孙寓姣，王勇，任南琪.聚四氟乙烯膜生物反应器处理大豆蛋白废水.中国给水排水，2003（11）:47-48 -EI
19. 孙寓姣，王勇，黄霞.荧光原位杂交技术在环境微生物生态学解析中的应用研究.环境治理技术与设备，2004,5（11）:14-20
20. 孙寓姣，王勇.膜生物反应器中污泥膨胀对生物相及微生物多样性影响.哈尔滨工业大学学报，2006. 38（6）：887-888，892 -EI
21. 王勇，孙寓姣，任南琪，李建政. C/N对细菌产氢发酵类型及产氢能力的影响.太阳能学报:2004，25（3）：375-378 -EI
22. 张丹,丁爱中,林学钰,孙寓姣,郑蕾,陈程.河流水质监测和评价的生物学方法.北京师范大学学报（自然科学版）,2009,45（2）
23. 王勇，孙寓姣，黄霞.丝状菌对膜-生物反应器中膜污染过程的影响.中国环境科学，2004，24（2）:247-251. -EI
24. 王勇，孙寓姣，黄霞.膜-生物反应器中活性污泥沉降性能与膜污染相关性研究.环境科学学报，2005，25（3）:396-400
25. 王勇，孙寓姣，黄霞.膜-生物反应器中微型动物变化与活性污泥状态相关性研究.环境科学研究，2004. 17（5）:48-51
26. 王勇，任南琪，孙寓姣. Fe对产氢发酵细菌发酵途径及产氢能力影响.太阳能学报，2003,24（2）:222-226 -EI
27. 杨洋,左剑恶,孙寓姣,鲁颐琼,卜德华,顾夏声.好氧亚硝化颗粒污泥特性的研究.环境科学，2007,28（12）:2710-2715 -EI
28. 刑薇，左剑恶，孙寓姣，李建平.利用FISH和DGGE对产甲烷颗粒污泥中微生物种群的研究.环境科学，2006，27（11）：2268-2272 -EI
29. 左剑恶，刑薇，孙寓姣.利用分子生物技术对厌氧颗粒污泥中微生物种群结构的研究.农业工程学报，2006，22（增刊1）：96-100
30. 王勇，任南琪，孙寓姣，李建政，孙选文.乙醇型发酵与丁酸型发酵的产氢机理及能力分析.太阳能学报，2002，23（3）：366-373 -EI
31. 王勇，任南琪，孙选文，孙寓姣.膜工艺应用于大豆蛋白废水处理中的膜污染及其对策.哈尔滨建筑大学学报，2001，34（6）:63-66
32. 邱子健，陈瑛，孙寓姣，史新柏.贻贝棘尾虫镜像骈体横切后前后切块再分别左右对折的实验.动物学报，2000，46（3）:241~248